เดิม มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา เป็น “วิทยาลัยครูบ้านสมเด็จเจ้าพระยา” ส่วนงานบริหารกลางของอธิการเรียกว่า “สำนักงานอธิการ” หน่วยงานนี้จัดระบบบริหารงานส่วนกลาง มีงานบริหารบุคคล งบประมาณ อาคารสถานที่และพัสดุ เป็นต้น ต่อมาในปี พ.ศ. 2535 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อ “สถาบันราชภัฏ” แทนชื่อ “วิทยาลัยครู”
ในปี 2538 ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ มีฐานะเป็นสถาบันอุดมศึกษา โดยยกวิทยาลัยครูบ้านสมเด็จเจ้าพระยา เป็นสถาบันราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา ตามมาตรา 7 ให้สถาบันราชภัฏเป็นสถาบันอุดมศึกษาเพื่อการพัฒนาท้องถิ่น มีวัตถุประสงค์เพื่อให้การศึกษาวิชาการและวิชาชีพชั้นสูง จึงทำให้หน่วยงานต่างๆ ในสถาบันอุดมศึกษาต้องปรับเปลี่ยนไปตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ
ในปี 2547 ได้มีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา มีผลบังคับใช้วันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2547 จึงมีประกาศเปลี่ยนชื่อสำนักงานอธิการเป็น “สำนักงานอธิการบดี” มีภารกิจหลักในการบริการแก่หน่วยงานต่างๆ และสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนทั้งภายในและภายนอก เพื่อให้มหาวิทยาลัยมีความคล่องตัวในการบริหารจัดการภารกิจผลิตบัณฑิต จึงถือได้ว่าสำนักงานอธิการบดีเป็นหน่วยงานสำคัญของมหาวิทยาลัย
สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา เป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา ซึ่งได้มีประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 122 ตอนที่ 20 ก หน้า 29 ลงวันที่ 8 มีนาคม 2548 ซึ่งมีหน้าที่ส่งเสริมสนับสนุนการจัดการศึกษาและช่วยขับเคลื่อนภารกิจในด้านต่างๆ ของมหาวิทยาลัยให้เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ ปัจจุบันได้แบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานอธิการบดี ออกเป็น 6 กอง ได้แก่ กองกลาง กองนโยบายและแผน กองบริหารงานบุคคล กองคลัง กองอาคารสถานที่และสิ่งแวดล้อม โดยกองพัฒนานิสิตนักศึกษา ได้จัดตั้งสำนักกิจการนิสิตนักศึกษาขึ้นมากับดูแล
